在“【技术应用】揭示医疗技术的变革：Ribo-seq技术的核心发现”中，小编探讨了Ribo-seq技术的独特优势与中心发现，那么该技术是如何运用到生物医学研究中的？又是如何巧妙地将多组学数据相结合，成为破解生命奥秘的重要工具？今天，尊龙凯时将带您探索基因表达的新视角。

转录组数据反映了mRNA的丰度，而Ribo-seq数据则揭示了翻译效率。通过将这两者进行比较，我们能够定量分析不同基因的翻译效率，从而了解基因表达在翻译层面的调控机制。例如，某些基因的mRNA丰度虽然较高，但翻译效率却相对较低，可能受到翻译抑制因子的调控。

应用实例

2025年3月4日，东京大学医学研究所的Toshifumi Inada团队在《Nature Communications》中发表了研究，利用RNA-seq和Ribo-seq发现，在酵母中，Grr1通过介导Ubp3的降解，在未折叠蛋白反应（UPR）过程中维持eS7A的单泛素化水平，从而促进HAC1i mRNA的翻译。此外，Grr1还在没有Ubp3和eS7A发酵作用的情况下促进HAC1u mRNA的剪接。Grr1的F-box和LRR结构域对其功能至关重要。该研究全面揭示了Grr1在UPR中，特别是在HAC1 mRNA剪接和翻译中的重要作用。

非编码RNA的潜力

非编码RNA（ncRNA）长期以来被视为“暗物质”，其功能机制尚未完全揭示。随着Ribo-seq技术的进步，我们能够从全新视角挖掘ncRNA的潜力。Ribo-seq能够捕捉核糖体在RNA上的精确位置，包括mRNA和非编码RNA。与ncRNA的联合分析能够揭示某些ncRNA并非完全“非编码”，而可能参与翻译过程，生成功能性小肽或调控蛋白质合成，为进一步探讨小肽的分子机制与功能特性提供了关键切入点。

肿瘤进展中的circRNA

研究表明，circRNA编码的蛋白在肿瘤进展中发挥关键作用，以胶质母细胞瘤（GBM）为例，这种脑部最常见的恶性肿瘤因其预后不佳而备受关注。张弩教授团队通过整合Ribo-seq、circRNA-seq和质谱分析技术发现，GBM中circ-E-Cad显著高表达，并能够翻译生成功能性蛋白C-E-Cad。机制研究揭示，C-E-Cad可通过分泌释放至细胞外，并与表皮生长因子受体（EGFR）特异性结合，从而激活多条关键信号通路，促进肿瘤干细胞的自我更新能力，进而驱动肿瘤的形成与侵袭。

表观遗传学的影响

表观组数据反映了基因表达的调控信息，如DNA甲基化、组蛋白修饰等。结合Ribo-seq数据，我们可以研究表观遗传修饰对翻译效率的影响，揭示表观遗传调控在翻译过程中的作用。RNA甲基化，尤其是m6A修饰，能够直接或间接影响核糖体与mRNA的结合及翻译效率，从而改变Ribo-seq所检测到的核糖体保护片段（RPFs）的分布与丰度。

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